Добрый день.
В соответствии со ст 2.1 КоАП административным правонарушением признается противоправное виновное действие (бездействие) физического или юридического лица, за которое КоАП предусмотрена ответственность.
В соответствии со ст. 4.4 КоАП при совершении лицом двух и более административных правонарушений административное наказание назначается за каждое совершенное правонарушение. Исходя из этого за каждый договор, содержащий нарушения, возможно привлечение к административной ответственности с назначением соответствующего наказания в виде штрафа.
На практике, однако, не всегда так. Если тексты договоров одинаковы, то фактически можно вести речь об одном правонарушении (и более того, проверяющие органы считают так же). Особо надеяться на это не стоит, однако этот факт возможно использовать при оспаривании постановления.