Добрый день.
В соответствии со ст.5 федерального закона «Об обществах с ограниченной ответственностью» устав общества должен содержать сведения о его филиалах и представительствах. Таким образом, если Вы планируете прекратить деятельность филиала, нужно будет изменить устав – убрать из устава сведения об этом филиале (или сразу о нескольких, если будет закрыто несколько филиалов).
Изменить сведения о филиалах можно с помощью формы Р13001 (лист Д). Для нескольких филиалов потребуется одно заявление и несколько разных листов Д.
Если нет необходимости вносить изменения в устав (например, если в уставе условие о местонахождении филиала сформулировано так, что филиал по указанному в уставе может быть, а может и отсутствовать), то достаточно будет заполнения только формы P13002, подача которой государственной пошлиной не облагается.