Добрый день.
Думаю, вариантов два.
Первый - доказывать, что накладная была подписана ошибочно. Для этого стоит в первую очередь побеседовать со своим директором, может быть, даже написав служебную записку или объяснение. Затем стоит попросить поставщика подтвердить факт ошибки при приемке. (Потребуется инвентаризация у них на складе, объяснения лица, передававшего товар у поставщика и т.д.). Если все убедятся в ошибке - достаточно будет внести исправления в учет.
Второй - платить за недостачу. По соглашению с работодателем платить можно в рассрочку. По поводу розничных цен можно ссылаться на статью 238 ТК РФ, в соответствии с которой упущенная выгода взысканию с работника не подлежит, а в розничную цену заложена прибыль организации.
Предлагаю все-таки попробовать доказать, что имела место ошибка.
Спасибо.
Антон Шишков