Скажите, пожалуйста, можно ли оплатить индивидуальному предпринимателю, находящемуся в Вологодской области, государственную пошлину по месту пребывания (Вологодская область), если он подает иск в Арбитражный суд Москвы?
Именно так и нужно делать - все платежи Вы производите через обслуживающий Вас банк. При оплате наличными - в местном отделении Сбербанка. При этом в платежном поручении (или в квитанции на уплату государственной пошлины ПД-4Н) требуется указывать реквизиты для уплаты государственной пошлины по искам, подаваемым в Арбитражный суд г. Москвы.
Реквизиты опубликованы на сайте суда. http://msk.arbitr.ru/info/duty/requisites/
Спасибо за вопрос.