Добрый день.
В вашем случае нужно проанализировать причины, по которым краевой суд оставил решение без изменений.
Если суд допустил ошибку, то в соответствии со ст 376 гражданского процессуального кодекса можно обжаловать решение суда в суд надзорной инстанции. В надзорной жалобе нужно указать, что на момент рассмотрения дела организации - истца уже не существовало. Если есть доказательства оказания давления, то стоит это также упомянуть.
До тех пор, пока судом не будет принято другое решение по делу юридическую силу (в Вашем случае) имеет утвержденное сторонами мировое соглашение и его нужно исполнять. Однако Вы вправе подать в суд ходатайство о приостановке исполнения этого мирового соглашения до вынесения решения судом надзорной инстанции.